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不同的魚類身體會有不同的顏色，就算是相同的魚類也會因為生長期的不同，而擁有不同的顏色。在魚類的身體內有三種色素的細胞：黑色素細胞、黃色素細胞、紅色素細胞。另外還有會呈現淡色或銀白色反光以及能使身體反光的彩虹細胞。魚類身體的顏色便是彩虹細胞與色素細胞綜合而呈現的結果，而且與魚類所處的環境的光線有關，並且與魚類的視覺也有很大的關連。

擁有不同顏色的魚類，不只有顏色豐富多樣此一特點，這些妙用無窮的顏色歸納起來有以下的幾項功能：
識別功能：
不同的魚類身上會有不同的顏色，這對魚類來說是辨識同伴很重要的依據。因為不同的魚類身上所擁有的顏色不同，如此一來可以避免與不同種魚類的雜交，同時也是幼魚辨認父母的依據。

欺敵：
有些魚類因為防禦能力較低，因此會在尾柄或是背鰭的部分出現假眼點，或是在眼睛佈置出現黑色的條紋。主要的目的便是要藉以混淆獵食者的視覺，使得敵人不容易攻擊其脆弱的眼部，而可趁機逃走。

警告：
許多身上帶有毒性的魚類都會具有鮮明的體色，主要便是要警告其他的生物不要輕易的靠近自己。獅子魚便是此種魚類的最主要代表，其鮮豔亮麗的外表，便是在提醒其他的魚類不要靠近自己以免受傷。

擬態：
魚類為了方便掠食或是躲避敵人時，都會將體色融入到背景的顏色之中，以達到隱蔽與自我保護的效果。有許多的魚種便都會隱藏在珊瑚礁岩之間，或是海藻、沙地裡，以隱蔽自己的身軀讓其他的魚類感覺不到自己的存在。

模仿：
有一些魚類為了增加自己的覓食機會，便會將自己偽裝成為其他魚種的一份子。牠們會完全的模仿其他的魚種，讓其他的魚種沒發現自己是外來者的，在魚群中跟著一起覓食一起躲藏。也時會會模仿其他魚的體色，待牠們降低戒心後，再伺機偷咬。

防紫外光：
在魚類的頭部常會有色素的出現，最主要的目的便是要防止過多的紫外線照射。因為身體的色素的可以保護魚的內臟不受紫外光線的破壞，所以魚類的身體都會有色素的保護。