魚缸中殘餌和排泄物等有機物的累積會引起水質惡化,水體中有機物有兩種形式存在,一種是尚未溶解的顆粒狀固體有機物,另一種是已溶解於水中的有機物。已溶解的有機物被細菌分解會變成有毒的氨氮和亞硝酸鹽,如果水體中生長有足夠數量的有益細菌(如硝化細菌)就會把有毒的氨氮和亞硝酸鹽分解成無毒的物質(硝酸鹽)。因此,水質淨化可以把尚未溶解的固體有機物過濾丟;也可以培養足夠數量的硝化細菌,分解水體中有毒的氨氮和亞硝酸鹽。

清潔魚缸的方法有:
使用水處理迴圈設備
大型、中型魚缸使用迴圈過濾設備,小型魚缸則可使用生化棉。商品化的水處理迴圈過濾設備的種類很多,有內置式,外置式等,也可以自己DIY,大致上的結構由三部分組成,不銹鋼或塑膠製成的圓筒形外殼;圓筒內放過濾棉、石英砂、塑膠生化球或生化陶瓷環等;小型水泵及道管。過濾棉、石英砂的作用是把水體中大顆粒有機物截留下來,因此經常需要清洗。
生化球和陶瓷環的作用是作為培養有益細菌的載體,用專業的術語來說是培養生物膜,主要是培養足夠數量的有益細菌,把水體中有毒的氨氮和亞硝酸鹽分解為無毒的硝酸鹽。小型魚缸可配備1-2只生化棉和一個充氣泵。生化棉兼有過濾固體有機物和培養細菌的功能。

是定期添加有益細菌
有益細菌的品種很多,常見的有光合細菌、硝化細菌、芽孢桿菌等。市場上銷售的產品大多數是複合菌。如一種日本產的叫EM的產品,有四大類80多種菌種組成。有人做過試驗,定期添加有益細菌,魚缸中的水可以一年不用換水。

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